Чреспищеводное исследование в ряде случаев может стать важным дополнением к трансторакальной эхокардиографии в диагностике врожденных пороков сердца. Чреспищеводную эхокардиографию можно проводить не только у взрослых, но и у детей: для исследования детей младше 7 лет разработаны специальные эндоскопы (диаметром 7 мм). Двумерное чреспищеводное исследование позволяет хорошо визуализировать дефекты межпредсердной и межжелудочковой перегородки, а контрастное исследование и цветное сканирование — определить гемодинамическую значимость внутрисердечного шунтирования крови. Чреспищеводная эхокардиография является методом выбора для дифференциальной диагностики дефектов межпредсердной перегородки типа sinus venosus и ostium secundum. С помощью чреспищеводного исследования хорошо диагностируется коарктация аорты.
Интраоперационная чреспищеводная эхокардиография при врожденных пороках сердца [179] имеет преимущества перед эпикардиальной эхокардиографией: она не заставляет прерывать операцию и позволяет непрерывно следить за функцией левого желудочка, а также контролировать закрытие дефектов межпредсердной и межжелудочковой перегородки [185]. Мониторинг функции левого желудочка особенно важен при оперативном лечении коарктации аорты: дилатация левого желудочка и ухудшение его глобальной сократимости требуют срочного вмешательства в ход операции.